Sau khi Hòa thượng Thích Minh Phước viên tịch, hàng Phật tử nơi đây đã cung thỉnh Thượng tọa Thích Thiện Thông ở Viện Chuyên Tu về Chùa để kế vị trụ trì, để hướng dẫn hàng Phật tử tu học. Được sự trợ giúp của chính quyền địa phương, sự quan tâm của Giáo hội Phật giáo Việt Nam và GHPG tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu, sự hộ trì, phát tâm của các Phật tử bốn phương, Thượng tọa Thích Thiện Thông đã trùng tu lại một số công trình của chùa như giảng đường, bảo tháp của Hòa thượng, lớp học tình thương…làm cơ sở trang nghiêm cho các Phật tử tu tập và sinh hoạt văn hóa tâm linh.

Từ nhiền năm qua, chùa Liên Trì đã mở một lớp giáo lý khoảng 70 người/lớp, mỗi tuần học vào tối thứ bảy để dạy kiến thức Phật pháp cho hàng Phật tử; hàng tháng chùa có mở khóa tu niệm Phật một ngày để Phật tử cùng nhau huân tu tịnh nghiệp, thúc liễm thân tâm, trao dồi giới đức. Ngoài ra, chùa còn có một lớp học tình thương do cố Hòa thượng sáng lập đã duy trì gần 20 năm nay, với số học sinh trung bình 120 em mỗi năm. Đây là lớp học dành cho các em có hoàn cảnh thật sự khó khăn và bất hạnh trong cuộc sống. Hằng ngày, các em lo phụ giúp gia đình kiếm tiền bằng cách đi bán vé số, đi đánh giày, đi lượm bọc ni long…Vào năm 2008, chùa Liên Trì thành lập Hội Từ Thiện Liên Hữu với hàng trăm thành viên. Mỗi tháng, Hội mang những phần quà nhỏ bé mà các hội viên đóng góp đến với những hoàn cảnh khó khăn, đồng bào vùng sâu vùng xa, vùng bị thiên tai, những em khiếm thị, những cụ già neo đơn nơi Viện dưỡng lão….